L'avion papal a décollé de l'aéroport de Rome-Fiumicino peu avant 08H00 (07H00 GMT).
L'escale de La Havane verra la première rencontre entre un chef de l'Eglise catholique et le patriarche de la plus importante des Eglises orthodoxes (plus de 130 millions des 250 millions d'orthodoxes) depuis le schisme entre Eglises d'Orient et d'Occident en 1054.
Le pape, accueilli par le président cubain Raul Castro, s'entretiendra à l'aéroport avec le patriarche, avant que les deux hommes signent une longue déclaration commune qui devrait évoquer les persécutions contre les chrétiens au Moyen-Orient et la défense des valeurs chrétiennes dans le monde.
La rencontre, que le Vatican tentait d'organiser en vain depuis des décennies, a été tenue secrète jusqu'au dernier moment tant les résistances étaient grandes au sein du patriarcat.
"La Russie peut donner beaucoup" pour la paix mondiale, a déclaré le pape dans une récente interview, en faisant état de "convergences" dans l'analyse des "Printemps arabes".
Les liens étroits entre le patriarcat et le Kremlin donnent aussi à la rencontre une dimension stratégique: "A l'arrière-plan, il y a un troisième protagoniste", le président russe Vladimir Poutine, que le pape a reçu deux fois, analyse sur son blog le vaticaniste Marco Politi.
"Il serait ingénu de penser que la soudaine disponibilité du patriarche n'est pas liée à la situation de la Russie dans ce moment géopolitique", estime Marco Politi, citant en particulier le rôle que Moscou veut jouer, avec Washington, "dans la stabilisation de la situation syrienne et dans l'endiguement du terrorisme jihadiste".
Un porte-parole du patriarcat, Alexandre Volkov, a démenti ces analyses, en "garantissant à 100% que la rencontre n'a rien à voir avec la politique". Il a espéré "de nouvelles perspectives de coopération mutuelle" entre orthodoxie russe et catholicisme, sans pour autant parler d'une étape vers "l'unité" entre les deux Eglises.
Certains analystes, cités par l'AFP, estiment que la future rencontre du patriarche avec le pape est liée à la situation de la Russie dans ce moment géopolitique, citant en particulier le rôle que Moscou veut jouer avec Washington afin de stabiliser la situation syrienne et éliminer le terrorisme djihadiste.
Néanmoins, un porte-parole du patriarcat, Alexandre Volkov, a démenti ces analyses, en "garantissant à 100% que la rencontre n'a rien à voir avec la politique". Il a espéré "de nouvelles perspectives de coopération mutuelle" entre orthodoxie russe et catholicisme.Après son rendez-vous à Cuba, le pape est attendu à 19h30 heure locale à Mexico, où il devrait être accueilli par des centaines de milliers de fidèles sur les 18 km du trajet entre l'aéroport et la nonciature. Durant les cinq jours de la visite, des millions de fidèles du deuxième pays le plus catholique (près de 100 millions de baptisés) chercheront à l'apercevoir lors de ses nombreux trajets en papamobile, surveillés par 13.250 policiers.
La violence multiforme —une mutinerie a fait jeudi au moins 52 morts dans une prison de Monterrey (nord-est)--, la corruption et le sort des migrants qui traversent le Mexique pour se rendre aux Etats-Unis seront les thèmes forts du voyage.
Selon des chiffres remis au pape en décembre par des ONG, 80.000 personnes sont mortes et 26.000 autres portées disparues dans les violences au Mexique depuis 2006.
François, qui ne se laisse pas dicter ses destinations, a voulu se rendre lors de ce voyage dans quelques-unes des régions les plus violentes d'Amérique Latine et du monde: depuis le Chiapas, à la frontière du Guatemala, jusqu'à Ciudad Juarez, aux portes du Texas.
En touchant les frontières sud et nord du pays, par où entrent et repartent les migrants en route vers les Etats-Unis, le pape devrait reprendre l'un de ses thèmes prioritaires: l'accueil de ces personnes vulnérables souvent enlevées, tuées, rançonnées ou enrôlées par les gangs.
En pleines primaires américaines, alors que certains candidats républicains emploient un langage xénophobe, le pape cherchera aussi à faire entendre sa voix au nord du Rio Grande.