10 mois plus tard était présentée la version officielle des faits, qui est loin d'avoir convaincu tout le monde. Même 55 ans plus tard, près de 70% des Américains ne croient pas les résultats de l'enquête.
D'après la version de la commission d'Earl Warren, le 22 novembre à 12:30 heure locale, Lee Harvey Oswald a tiré trois coups de feu avec une carabine Mannlicher-Carcano M91/38 de calibre 6,5 mm. Oswald aurait agi en solitaire. Deux jours après son arrestation et pendant son transfert du commissariat de Dallas, Oswald a été abattu par le propriétaire d'un restaurant local, Jack Ruby. La police a pensé que ce dernier avait commis ce meurtre pour des raisons personnelles et non dans le cadre d'un complot collectif. Ruby a expliqué qu'il voulait éviter à Jacqueline Kennedy des problèmes inutiles durant l'interrogatoire.
Le verdict de la commission d'Earl Warren a été critiqué aussi bien par la société que par les organisations gouvernementales. En cause: des doutes sur les résultats de l'expertise balistique ou encore le mécontentement quant à l'absence de conclusions de l'enquête pointant les traces d'un complot collectif. Selon les récents sondages menés aux USA, près de 70% de la population ne croit pas à la version officielle de l'assassinat de JFK.
Les versions alternatives du meurtre de Kennedy vont des plus ou moins crédibles à celles qui dépassent le bon sens.
Le 36e président des États-Unis Lyndon Johnson disait souvent que l'assassinat de JFK était une vengeance des Vietnamiens pour le meurtre du premier président du Vietnam du Sud Ngô Đình Diệm, tué le 2 novembre 1963 — 20 jours avant Kennedy — pendant un coup d'Etat organisé par la CIA. Mais cette version n'a jamais été confirmée.
Selon le général du FSB à la retraite et historien des renseignements Valeri Malevany, l'assassinat de Kennedy pouvait être lié à ses projets d'établir un contrôle sur la Réserve fédérale (Fed). En juin 1963, le président avait signé le décret 11110 redonnant au ministère américain des Finances le droit d'émettre des «certificats d'argent» — des billets qui pouvaient être échangés contre un lingot d'argent.
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