"C'est la bonne chose à faire pour notre peuple et pour notre armée", a indiqué M. Carter, invoquant la nécessité de ne pas "laisser des barrières non liées aux qualifications" empêcher l'accès de bonnes recrues à l'armée.
"Aujourd'hui, plus d'un tiers" des 500 plus grosses entreprises américaines dont Boeing ou Ford offrent une assurance-santé couvrant les personnes transgenres, a-t-il cité en exemple.
Le Pentagone se donne un an avant de commencer à recruter des personnes ayant changé de sexe, annonce l'AFP.
Les coûts seront minimes pour l'armée et représenteront une partie "minuscule" du volume total des dépenses médicales, a précisé M. Carter.
La décision du Pentagone concerne relativement peu de personnes, selon des chiffres cités par le secrétaire américain à la Défense.
Sur 1,3 million de soldats, il y aurait entre 2.500 et 7.000 personnes transgenres, selon une étude de Rand Corporation citée par M. Carter.
Human Rights Campaign, la plus importante des associations défendant les personnes transgenres, estime de son côté qu'elles sont environ 15.500 dans les rangs de l'armée.
Mais la décision s'inscrit dans un climat politique chargé, alors que certains républicains ont fait de la question des personnes transgenres l'un de leurs chevaux de bataille.