Dans une déclaration télévisée diffusée dans la nuit, le Premier ministre Miro Cerar a souligné que la Slovénie ne laisserait entrer "que ceux qui répondent aux critères de l'Union européenne", rapporte l'AFP.
Un premier groupe de 150 migrants arrivés en train dans la nuit depuis Zagreb a été intercepté dans la ville-frontière slovène de Dobova.
Après avoir essayé en vain de les renvoyer en Croatie, les autorités slovènes les ont transportés dans un centre d'accueil, "dans l'attente d'un accord sur une procédure de retour en Croatie", a indiqué la police.
Quelques kilomètres plus au nord, des dizaines de policiers slovènes surveillaient également le petit passage frontalier de Dobova, selon cette source.
En face, dans la localité croate de Harmica, des dizaines de migrants étaient rassemblés, espérant pouvoir trouver un moyen de franchir la frontière et pénétrer ainsi dans l'espace Schengen.
Pays charnière entre la Croatie, la Hongrie, l'Autriche et l'Italie, la Slovénie, qui compte 2 millions d'habitants, entend faire respecter l'inviolabilité de la frontière de la zone Schengen, qu'elle a rejoint fin 2007.
Ljubljana a mis en place des camps de tentes et de centres d'accueil pour recevoir le cas échéant "plusieurs milliers" de migrants.