"L'embarcation transportant les migrants s'est sans doute renversée", indique l'agence.
68 migrants ont été sauvés, et 30 réfugiés sont parvenus à gagner par leurs propres moyens les côtes de l'île de Farmakonisi.
Selon l'agence, les autorités locales n'ont toujours pas fourni de détails sur la nationalité des victimes. Cependant, il s'agirait du plus lourd bilan lors d'un naufrage d'embarcation de réfugiés depuis le début de la crise des migrants.
La première ministre grecque par intérim Vasiliki Thanou, qui s'est rendue en visite à Lesbos dimanche, a appelé l'Union européenne à s'entendre sur une politique globale qui permette de faire face à l'afflux massif de migrants.
Elle a en outre estimé que les autres pays avaient tort de pointer la Grèce du doigt en raison de ses démarches face à l'afflux migratoire.
"Nous leur demandons de réfléchir à ce que représente la surveillance de 16.000 kilomètres de côtes de frontières européennes. Qu'ils se demandent si une Europe morale peut s'édifier en construisant des murs", a-t-elle dit.
Les dirigeants européens ont reconnu cette semaine que l'UE avait échoué face à la tragédie humaine qui se déroule à ses frontières. Les quotas de réfugiés par pays figurent parmi les principaux points d'achoppement entre les pays membres.