Selon lui, Téhéran aurait pu connaître un coup d'État intérieur ou une attaque extérieure.
Dans un courriel envoyé d'Islamabad à la chaîne américaine, le scientifique pakistanais, soupçonné d'avoir transmis à l'Iran et à la Corée du Nord des technologies et des secrets nucléaires, indique que Téhéran a agi de manière très raisonnable et pragmatique en empêchant une catastrophe dans son pays.
Simon Henderson, expert de l'Institut de Washington pour la politique au Proche-Orient, a noté que "Khan a évité toute référence à sa propre participation à la fourniture des technologies pour enrichir de l'uranium à l'Iran". "Les 5.000 centrifugeuses IK-1 que l'Iran a été autorisé à conserver sont des copies des centrifugeuses R-1 pakistanaises", rappelle Henderson. Et d'ajouter que la piste pakistanaise était probablement la dimension la plus intéressante du programme nucléaire iranien et méritait une enquête plus poussée.
En tant que chercheur, métallurgiste et fonctionnaire volontaire, Khan est très populaire au Pakistan. Il est par ailleurs soupçonné depuis longtemps par les Américains d'être "au centre du commerce mondial des technologies nucléaires". Washington pense que l'Iran, la Chine, la Libye et la Corée du Sud ont payé des millions de dollars pour que Khan expertise leurs programmes nucléaires militaires. Ce dernier affirme que toutes ses actions ont été approuvées par les administrations civiles et militaires successives au Pakistan.
Le Pakistan a réalisé son premier essai nucléaire sous la direction de Khan en mai 1998. En mai 2001, il a été écarté de la supervision du programme nucléaire national et serait, selon certaines informations, assigné à résidence à Islamabad.