M.Vucic a quitté en courant le cimetière mémorial, entouré de ses gardes du corps, selon des journalistes de l'AFP.
Selon l'agence Tanjug, qui cite ses correspondants sur place, M.Vucic a été touché à la tête par un jet de pierre et ses lunettes ont été cassées.
Il venait de déposer une fleur devant un monument portant les noms des plus de 6.200 victimes identifiées et enterrées au mémorial, lorsque la foule a commencé à scander Allah Akbar (Dieu est grand) et à lancer des pierres dans sa direction.
Des journalistes de l'AFP ont vu que des hommes qui assuraient la protection du premier ministre serbe avaient été touchés par des jets de pierres. Entouré de ses gardes du corps, M.Vucic a réussi à quitter le mémorial en empruntant un sentier en haut d'une colline, en direction de plusieurs voitures, tandis qu'à l'aide de hauts-parleurs, les organisateurs lançaient des appels au calme.
Un imam a alors commencé à prononcer une prière et la plupart des participants se sont tournés pour prier en attendant l'enterrement de 136 victimes du massacre nouvellement identifiées.
Auparavant, lors de son arrivée, M.Vucic avait déjà été brièvement conspué alors qu'il entrait dans un hangar où des membres de différentes délégations internationales signaient le livre de condoléances. Vendredi, le ministre serbe de l'Intérieur avait averti des risques pesant sur la sécurité de M.Vucic.
Samedi, en quittant Belgrade pour Srebrenica, M.Vucic avait, dans une lettre ouverte, condamné un "crime monstrueux", évoquant le massacre de 8.000 musulmans, et qualifié de génocide par la justice internationale.
"Vingt ans se sont écoulés depuis le terrible crime à Srebrenica. Il n'y a pas de mots (…) pour exprimer sa tristesse et ses regrets pour les victimes, ni sa colère à l'égard de ceux qui ont commis ce crime monstrueux", a écrit M.Vucic, sans employer le mot "génocide".
Il y a 20 ans, en juillet 1995, alors que la région était déclarée "zone protégée" par l'ONU, quelque 8.000 hommes et garçons musulmans avaient été tués à Srebrenica par les forces serbes bosniennes, la pire tuerie en Europe depuis la fin de la Seconde Guerre mondiale.
"C'est mon obligation de m'incliner devant les victimes, c'est un acte qui nous définit pour l'avenir et cet avenir commun (avec les musulmans, ndlr) ne peut être sacrifié au nom d'un égoïsme personnel ou national, cela n'a pas lieu d'être au milieu de toutes ces tombes", a écrit M.Vucic.
Les dirigeants politique et militaire des Serbes de Bosnie, Radovan Karadzic et Ratko Mladic, accusés d'être les éminences grises du massacre de Srebrenica, sont aujourd'hui jugés pour génocide par le Tribunal pénal international pour l'ex-Yougoslavie (TPIY), qui a déjà prononcé cinq condamnations pour génocide.
