L'acte d'accusation contre Mikhaïl Khodorkovski a été approuvé par le Parquet général le 14 mai 2004. Sept chefs d'accusation sont retenus contre l'ex-patron du groupe pétrolier :
- détournement de biens par escroquerie en groupe organisé et à grande échelle;
- non-exécution délibérée de décisions ayant pris force de chose jugée;
- atteinte au patrimoine par fraude, en l'absence de signe de détournement, en groupe organisé et à grande échelle;
- fraude fiscale à grande échelle et en groupe organisé après entente préalable, à maintes reprises;
- soustraction à l'obligation d'acquitter les impôts ou les cotisations à des fonds extrabudgétaires publics, à grande échelle;
- faux en écriture publique, à maintes reprises;
- détournement de biens d'autrui.
Le préjudice causé par le "groupe criminel organisé" dirigé par Khodorkovski est évalué par les juges d'instruction à 1 milliard de dollars.
Le dossier Ioukos occupe 237 volumes. Le sens de l'accusation que le procureur Dmitri Chokhine a plus d'une fois exposé au cours du procès se ramène à ce qui suit : le "groupe Khodorkovski" s'est approprié illégalement des entreprises et n'a pas payé ses impôts.
D'après l'accusation, en 1994, alors président du conseil des directeurs de la banque Menatep, Mikhaïl Khodorkovski a mis en place un groupe criminel en vue de s'approprier des actions d'entreprises privatisables. La même année, ce groupe a pris possession d'un paquet d'actions (20%) de la société Apatit évalué à plus de 283 millions de dollars.
Etant devenu actionnaire d'Apatit, le "groupe Khodorkovski" n'a pas voulu, affirme le procureur, respecter les conditions imposées à l'investisseur et a revendu les actions à des structures commerciales contrôlées par Menatep qui ont, à leur tour, transféré ces titres à des sociétés offshore étrangères. Il est ainsi devenu impossible de faire appliquer la décision de justice qui enjoignait de restituer les actions d'Apatit à l'Etat.
Plus tard, en 2000-2002, les nouveaux dirigeants d'Apatit ont monté des sociétés écrans qui leur ont permis, d'après l'accusation, de détourner 6 milliards de roubles de bénéfice. Les produits étaient vendus à un prix minoré à des clients étrangers contrôlés par Ioukos qui les revendaient au prix du marché mondial, soit deux fois plus cher, en causant finalement un préjudice énorme à l'Etat.
C'est selon le même schéma et dans le même but, affirme l'accusation, qu'a été illégalement privatisé en 1995 un paquet d'actions (44%) de l'Institut de recherches sur les engrais et les insectofungicides.
Dans son réquisitoire le procureur Dmitri Chokhine a requis pour les accusés l'amnistie par prescription pour l'épisode lié à la privatisation illégale d'Apatit. Mais il a maintenu contre Khodorkovski et Lebedev des griefs qui ne sont pas liés à cette partie du dossier, notamment les réclamations fiscales concernant l'activité de Ioukos.
D'après la partie poursuivante, en 1999 et 2000 quatre sociétés commerciales contrôlées par Khodorkovski, enregistrées dans une entité territoriale administrative fermée, ont payé leurs impôts avec des lettres de change de Ioukos dont une partie n'a pas été éteinte.
D'autre part, en 2000-2002, Khodorkovski et Lebedev ont recruté des employés de Ioukos et de différentes structures commerciales pour former un groupe qui a vendu du pétrole et des produits pétroliers via des sociétés enregistrées dans les zones bénéficiant de facilités fiscales, ce qui a permis à Khodorkovski et à ses complices d'éviter de payer des impôts à grande échelle. Les règlements avec le budget au moyen de lettres de change ont procuré à Ioukos 556 millions de dollars de bénéfices illégaux.
Enfin Khodorkovski est accusé de s'être soustrait au versement de 53 millions de roubles (2 millions de dollars environ) d'impôt sur le revenu et de cotisations à la Caisse de retraites. Il affirme avoir conseillé des sociétés étrangères et reçu à ce titre des gratifications, mais les juges d'instruction n'ont trouvé aucune preuve à l'appui de cette affirmation.
Khodorkovski réfute toutes les charges retenues contre lui. Il reconnaît dans leur grande majorité les faits évoqués par les juges d'instruction mais en rejette la nature délictueuse, et affirme que lui-même et ses sociétés n'ont pas violé la loi russe mais en ont profité à des fins commerciales.
