La Cour d'arbitrage a confirmé la légalité des réclamations formulées par le fisc à l'encontre de Yukos en termes d'arriérés d'impôts et de pénalités, ramenant le montant des réclamations de 79,4 milliards de roubles à 76,2 milliards de roubles.
Ainsi, la Cour d'arbitrage a fait partiellement droit à une action en justice intentée par Yukos.
Le 2 septembre, Le Service fédéral des impôts arrêtait de faire payer à Yukos un supplément de 119,9 milliards de roubles de versements fiscaux pour 2001. Cette somme se repartit comme suit : 50,7 milliards de roubles sont des arriérés d'impôt, 28,7 milliards de roubles, des pénalités et 40,6 milliards de roubles, une amende. Le 6 septembre, le Service fédéral des impôts a exigé de Yukos, par un document établi à part, de verser 79,4 milliards de roubles d'arriérés et de pénalités. Cette somme est saisie d'office sur les comptes de Yukos.
Pour prélever l'amende, le Service fédéral a saisi la Cour d'arbitrage. Par son jugement du 11 octobre, l'Arbitrage de Moscou recouvrait l'amende infligée à la société pétrolière, réduisant son montant de 1,5 milliard de roubles. Le 16 octobre, ce jugement a été confirmé par un appel.
D'abord Yukos a contesté la réclamation du fisc en date du 6 septembre. Pourtant, les avocats de la société pétrolière ont ensuite précisé l'objet de l'action en justice, demandant à la Cour de reconnaître nulle et non avenue la décision du Service fédéral des impôts en date du 2 septembre.
Aujourd'hui, la Cour a réduit les réclamations du fisc sur la taxe à la valeur ajoutée de 1,86 milliards de roubles, diminuant les pénalités de 1,2 milliard de roubles et l'amende de 1,5 milliard de roubles.