Selon lui, un marin est parti en permission en raison de l'hospitalisation de sa mère. L'autre s'est vu permettre de descendre à terre quelques minutes avant l'immersion, car il avait demandé depuis quelques jours l'autorisation de quitter le bâtiment pour enregistrer des documents relatifs à sa nouvelle maison, d'après sa mère.
44 personnes, au lieu des 37 prévus normalement, se trouvaient donc à bord du sous-marin, et les sept personnes «en trop» n'étaient pas des sous-mariniers. On y trouvait notamment deux plongeurs-démineurs du Groupement de plongeurs tactiques (Buzos Tacticos) des forces spéciales de la Marine argentine et un agent de reconnaissance navale.
Le 15 novembre, le commandement de la Marine argentine a perdu le contact avec le sous-marin argentin ARA San Juan. Il avait quitté le port d'Ushuaia avant de mettre le cap sur Mar del Plata, à 400 kilomètres au sud de Buenos Aires. La Marine argentine a plus tard fait savoir qu'une explosion avait été enregistrée qui pourrait être liée à la disparition du sous-marin.
