Les années 1960 n'étaient pas bonnes pour les submersibles. Le premier grave accident s'est produit le 10 avril 1963. Sa victime est le sous-marin américain USS Thresher avec 112 membres d'équipage et 17 spécialistes civils à bord. L'accident aurait été déclenché par une voie d'eau qui aurait provoqué un court-circuit et l'arrêt automatique du réacteur nucléaire qui a privé le sous-marin de sa propulsion. Le sous-marin est alors descendu à une profondeur à laquelle sa coque ne pouvait plus supporter la pression. L'épave du bâtiment se trouve toujours à une profondeur de 2.560 m. La radioactivité qui en émane témoigne indirectement que son réacteur a été détruit.
Toujours dans les années 1960, quatre autres accidents ont eu lieu.
Le 25 janvier 1968, le sous-marin israélien INS Dakar, parti de Portland pour Haïfa, a disparu en Méditerranée avec 62 personnes à bord. Il a été retrouvé le 29 mai 1999 entre la Crête et Chypre à une profondeur de 3.000 m.
Le Koursk a été renfloué le 10 octobre 2001.