Les démarches des autorités européennes semblent provoquer de plus en plus de critiques de la part de la population. Dans ce contexte, le conseil de M.Juncker peut être perçu comme une tentative de consolider les rangs des partisans des principes purement européens.
Cependant, ces déclarations semblent cacher une polémique importante entre les deux hommes politiques. Dans une interview accordée au journal SME (Bratislava), M.Fico avait lancé que selon lui l'islam n'avait pas de place en Slovaquie et se prononçait contre la formation d'une communauté musulmane fermée dans le pays.
M.Juncker a pour sa part désapprouvé la déclaration de M.Fico contre la formation d'une communauté musulmane en Slovaquie, ainsi que son refus de soutenir le système des quotas obligatoires des migrants répartis entre les pays de l'Union européenne.