Le site de naufrage a été initialement découvert en 1998. Les fouilles ont été effectuées par la société Bluewater Recoveries Ltd. sous l'égide du ministère de la Culture du sultanat d'Oman, de 2013 à 2015.
L'analyse de milliers d'objets, découverts sur le site, n'est pas encore terminée, mais dans un rapport intermédiaire, les scientifiques ont conclu que le bateau faisait partie de la flotte de Vasco de Gama, et il s'agit bien d'"Esméralda". Cette conclusion est étayée par la présence d'une pièce rare, l'indio, frappée en 1499 sur ordre du roi Manuel I pour faire du commerce avec l'Inde.
De plus, 12 cruzeiros en or, frappés sous les règnes de Juan II et Manuel I, ont été découverts parmi les fragments du bateau. Ils ne sont pas abîmés.
Les scientifiques ont également découvert un disque en cuivre avec l'emblème de Manuel I. Selon les archéologues, ce disque faisait partie de l'astrolabe.
A bord du bateau, il y avait des boulets avec les lettres "V.S.", ce qui correspond aux initiales du nom de l'oncle de Vasco de Gama, Vicente Sodré, le capitaine d'"Esméralda".
On ignore toujours le sort de l'équipage d'"Esméralda". D'après plusieurs sources du XVIe siècle, ses membres sont morts sur l'île Al-Hallaniyah, dans la région de Dhofar (Oman), suite au naufrage. Néanmoins, les scientifiques n'ont découvert aucun reste humain lors de l'analyse des tombeaux non-musulmans. Les corps des marins, exposés aux éléments, auraient disparu sans laisser de trace…
