Une femme a également été arrêtée en Rhénanie du Nord-Westphalie pour d'autres motifs, selon le porte-parole, qui n'était pas en mesure de fournir davantage de précisions.
Ces Algériens vivaient dans des foyers pour réfugiés en Rhénanie du Nord-Westphalie et en Basse-Saxe, a souligné le porte-parole de la police de Berlin, Stefan Redlich, sur la chaîne d'informations en continu N24.
"Nous avons bien travaillé avec nos collègues en Rhénanie du Nord-Westphalie et en Basse-Saxe (…) les foyers de réfugiés (dans ces régions) où vivaient les suspects ont été perquisitionnés", a-t-il martelé.
Cette politique d'accueil vaut à la chancelière Angela Merkel d'être de plus en plus critiquée.
Le principal suspect arrêté, un Algérien de 35 ans, se trouvait dans un centre d'accueil pour migrants à Attendorn, une petite ville à 80 km de Cologne (ouest), selon des sources au sein des services allemands de sécurité interrogées par l'agence de presse allemande DPA.
A Hanovre (nord-ouest), capitale régionale de la Basse-Saxe, un foyer de réfugiés a également été perquisitionné, selon ces sources.
L'un des deux hommes arrêtés a été formé aux armes en Syrie, précise en outre le communiqué.
Le deuxième homme interpellé, à Berlin, l'a été pour falsification de documents.
Dans la capitale allemande, les perquisitions ont eu lieu dans quatre appartements et deux lieux de travail.
Au total, 450 policiers, dont certains d'unités spéciales, ont été mobilisés dans cette vaste opération, selon le porte-parole.
Depuis les attentats djihadistes à Paris du 13 novembre, les autorités allemandes ont indiqué à plusieurs reprises que l'Allemagne était aussi menacée par des attaques islamistes.
L'assaillant d'un commissariat parisien, abattu par la police française début janvier, avait par exemple été enregistré comme demandeur d'asile dans sept pays européens, dont l'Allemagne.
Deux des kamikazes qui se sont fait exploser le 13 novembre aux alentours du Stade de France, près de Paris, s'étaient également, selon l'enquête, mêlés à l'automne au flot des migrants, utilisant des passeports syriens avec de fausses identités.