Selon l'AFP, le pilote du F18 a pu s'éjecter avant le crash, survenu en fin de matinée. Récupéré par les secours, il a été héliporté et évacué vers le CHU de Besançon, a précisé la préfecture du Doubs dans un communiqué. Son pronostic vital n'est pas engagé.
L'avion avait décollé de la base militaire de Payerne dans le centre de la Suisse, selon le communiqué de la Défense.
Il s'est écrasé sur le territoire de la commune de Glamondans, à une vingtaine de km à l'est de Besançon, et un périmètre de sécurité de 300 mètres a été établi autour du lieu de l'accident, selon la préfecture.
Cette zone est située dans le secteur d'entraînement EUC 25 commun à la Suisse et à la France, a précisé la Suisse.
Jusqu'à cet incident la Suisse disposait de 32 F/A 18, un appareil moderne de fabrication américaine, qui constitue l'élément central de sa force aérienne de combat.