Lors des fouilles, les archéologues ont retrouvé les restes d'une douzaine de personnes. Parmi les ossements découverts, certains seraient censés appartenir à Lisa Gherardini.
Une "convergence d'éléments allant des examens anthropologiques aux documents historiques permet de conclure que ces restes sont probablement ceux de Lisa Gherardini", espère Silvano Vinceti, historien ayant coordonné les recherches.
Cependant, les technologies contemporaines, dont la comparaison d'ADN, ne permettent pas d'établir à 100% l'appartenance des restes détectés au modèle de Léonard de Vinci.
Née en 1479, Lisa Gherardini avait épousé un marchand de soie florentin, Francesco del Giocondo, qui, en 1503, aurait été le commanditaire du célèbre portrait. Après le décès de son mari, la veuve s'était retirée dans un couvent, où elle a probablement été inhumée à sa mort en 1542.