"Si l'on n'arrive pas à une répartition équitable des réfugiés en Europe, alors la question de l'avenir de la zone de libre circulation Schengen se posera. Nous ne voulons pas ça", a-t-elle dit selon l'agence Reuters.
M. Merkel a dénoncé les accusations contre le gouvernement allemand, qui ignorerait le droit européen concernant l'accueil des réfugiés.
"Nous ne devons pas nous accuser mutuellement, au contraire, nous devons changer la situation",
a-t-elle souligné à Berlin, après les négociations avec le premier ministre espagnol Mariano Rajoy.
Dans le même temps, la chancelière a fait remarquer que les migrants n'obtenant pas le statut de réfugié devaient repartir dans leurs pays d'origine.
Les deux dirigeants conservateurs ont lancé à l'Union européenne un appel à élaborer une politique intégrale visant les migrants.
La chancelière a souligné qu'il était important d'ouvrir des centres d'enregistrement de réfugiés et de créer une liste des pays où les migrants ne pourraient pas obtenir le statut de réfugié.
M. Rajoy a pour sa part déclaré que la Commission européenne devait décider le plus tôt possible quels pays seraient dans cette liste.
L'Allemagne est actuellement confrontée à un afflux sans précédent de demandeurs d'asile et s'apprête à accueillir 800.000 réfugiés en 2015, soit quatre fois plus que l'année dernière.
Réunis lundi à Berlin, Angela Merkel et le président français François Hollande ont demandé à l'Europe une réponse "unifiée" à la crise des réfugiés.
L'Union européenne a pris la décision de répartir 60.000 immigrés arrivés en Grèce et en Italie, au cours des deux prochaines années. 40.000 immigrés seront temporairement acceptés tandis que 20.000 pourront rester aussi longtemps qu'ils le veulent au sein de l'EU, qui n'a néanmoins pas encore décidé comment réaliser concrètement ce projet.
