Le vol Tel-Aviv-Paris avait été détourné par des combattants d'organisations pro-palestiniennes le 27 juin 1976 et détourné vers l'aéroport d'Entebbe, près de la capitale de l'Ouganda, Kampala.
En arrivant en Ouganda, les terroristes avaient évacué 248 personnes, retenant en otage essentiellement ceux qui avaient la citoyenneté israélienne ainsi que l'équipage composé de 12 personnes et qui avait refusé d'abandonner ses passagers. La principale revendication des pirates de l'air était la libération immédiate des prisons israéliennes de 40 Palestiniens, des activistes de l'Organisation de libération de la Palestine.
Une semaine plus tard, près d'une centaine de commandos israéliens se sont rendus en Ouganda pour prendre d'assaut le terminal. 102 des 106 otages ont été sauvés et rapatriés en Israël par avions militaires. Trois hommes ont été tués pendant l'assaut, et une autre otage israélienne, Dora Bloch, a été admise à l'hôpital, puis exécutée par les autorités ougandaises pour se venger du raid.
Le lieutenant-colonel Jonathan Netanyahu, chef des forces spéciales d'état-major de l'armée israélienne et frère du premier ministre Benjamin Netanyahu, a également péri pendant l'assaut. Depuis cette époque, on appelle officieusement cette opération par son nom – opération Jonathan.
Lettre au premier ministre
Au milieu des années 1970, en Israël, régnait une atmosphère de lutte permanente contre le terrorisme. Les renseignements israéliens pourchassaient en permanence les activistes de diverses organisations palestiniennes, y compris ceux qui étaient impliqués dans le meurtre des sportifs israéliens aux Jeux olympiques de Munich.
Le détournement de l'avion d'Air France a été un autre maillon dans cette chaîne. Pendant de longues années, on a estimé que les premiers jours après la prise d'otages, le gouvernement israélien cherchait une solution diplomatique au problème, et d'après plusieurs historiens, il était même prêt à faire des concessions et libérer des prisonniers palestiniens.
Cependant, 39 ans plus tard, les documents déclassifiés indiquent qu'il s'agissait d'une diversion sur laquelle peu de dirigeants israéliens comptaient. Depuis le premier jour, le premier ministre Yitzhak Rabin et le ministre de la Défense Shimon Peres croyaient fermement en la nécessité de mener une opération militaire.