Cet accord sans précédent, d'un montant de 18 millions d'euros, avait été annoncé en mars.
"Nous sommes très enthousiastes de voir ces anciens manuscrits désormais accessibles sous format numérique haute définition à un large public dans le monde entier", a déclaré le PDG du groupe, Toshio Iwamoto, cité dans le communiqué.
Pour l'heure, huit manuscrits sont consultables sur le site internet de la Bibliothèque apostolique vaticane, a précisé à l'AFP un porte-parole de NTT Data.
Le Vatican a entamé il y a quelques années un ambitieux projet de numérisation de l'ensemble des livres de la Bibliothèque. Un total de 18.000 manuscrits devraient ainsi être en libre accès sur le web dans quatre ans.
Le partenariat avec le groupe japonais concerne 3.000 d'entre eux, soit "quelque 80.000 volumes et 41 millions de pages qui peuvent être considérés comme des biens historiques de l'humanité, rédigés entre le IIe et le XXe siècles", avait expliqué M. Iwamoto en mars.
"En faisant cela, nous poursuivons notre mission qui consiste à faire mieux connaître ces trésors, dans un esprit profond d'universalité", a souligné le préfet de la Bibliothèque, l'Italien Cesare Pasini.
La Bibliothèque vaticane se distingue par la variété géographique de ses oeuvres, de l'Amérique pré-colombienne à l'Extrême-Orient chinois et japonais, et l'ancienneté de ses archives.