Les administrations de l’UE expliquent notamment que la participation de la Suisse aux programmes de subventions européennes n'est pas possible, si ce pays ne permet pas de garantir la liberté de mouvement. Le financement du programme innovant Horizon 2020 a été notamment suspendu. Il était prévu de dépenser 80 milliards d’euros pour le financement de ce programme dans les années 2014-2020.
En outre, la Suisse a refusé de participer au programme européen Erasmus d'échange d'étudiants. En 2011-2012, plus de 2600 étudiants suisses ont eu la possibilité d'étudier dans les universités européennes.