Ivan Viskovaty fut le premier à diriger ce service diplomatique. Il était en charge de la correspondance entre le tsar et la Douma des Boïars avec les ambassadeurs étrangers, et sélectionnait les candidats pour les services diplomatiques et la formation des ambassades russes à l’étranger. Viskovaty a créé une archive monarchique unifiée, qui a inclu les documents d’Etat sur les grands princes de Moscou. Cette archive possédait aussi toute la documentation extérieure et des documents d’enquête divers.
Ivan Viskovaty se prononçait en faveur de l’orientation de la Russie vers les pays occidentaux. Par conséquent, il utilisait tout son zèle diplomatique pour aider la Russie à accéder à la mer Baltique, ce qui sous-entendait un conflit avec la Pologne, la Suède, la Livonie et le Danemark, qui considéraient cette région comme leur sphère d'influence traditionnelle. Viskovaty étudiait de manière détaillée la situation politique dans la région de la Baltique à l’aide d’espions qu’il y envoyait, essayant d’affaiblir l’union des Etats opposés à la Russie.
Il a notamment donné l’ordre suivant à l’ambassadeur Ivan Zamytski qui partait en 1557 : « Savoir quelles sont les relations entre le roi suédois, le roi du Danemark et le roi de la Livonie. A-t-il de bonnes relations avec les Etats voisins ? Qu’il rapporte au tsar ce qu’il a appris. »
En 1562, Viskovaty s’est rendu lui-même au Danemark pour y mener des pourparlers. Il a également apporté à Moscou du Danemark un accord d’union avec le Danemark, et un accord de trêve de 20 ans avec la Suède, ce qui a permis à Ivan Grozny de renforcer ses positions dans la guerre avec la Livonie. Pendant cette mission, Viskovaty fut obligé de faire face à des moyens non diplomatiques, en séduisant des nobles danois avec des moyens financiers.
Toutefois, le favori du tsar a fini sa vie sur une croix. En 1570, on a essayé de l’obliger à reconnaître publiquement qu’il était coupable « d’association des malfaiteurs » contre le tsar et à demander la grâce. Mais Viskovaty était trop fier, et il a tout nié en bloc, ajoutant à la fin : « Soyez maudits, sangsues, ensemble avec votre tsar ! ». Viskovaty a été alors crucifié sur ordre du tsar et démembré publiquement.
Un autre ordre, adressé à deux autres ambassadeurs, Rodion Birkine et Petr Pivovarov, qui partaient en mission diplomatique en Géorgie en 1587, mentionnait notamment : « Une fois qu’ils se trouvent sur la terre géorgienne, vérifier discrètement quelles sont les relations entre le prince géorgien et le prince persan ? Est-ce que les envoyés du sultan turc ou du shah perse ont rendu visite au prince géorgien Alexandre ? Sont-ils en guerre les uns avec les autres ? »
De nouvelles missions diplomatiques permanentes russes apparaissent à l’étranger dès le 17e siècle. Une se crée en Suède (1634), une en Pologne-Lituanie (1673) et une en Hollande (1699). En outre, ces missions diplomatiques commencent à utiliser leurs capacités pour mener des activités de renseignement à l’étranger.
En 1654, pendant le règne d'Alexis Mikhaïlovitch, le père de Pierre le Grand, l’ordre des Affaires secrètes est créé. Cet ordre, qui a reçu des dossiers d’autres structures d’administration du tsar, n’était plus soumis à la Douma des Boïars, toutes les questions étant résolues sans sa participation. C’est ainsi que le premier service secret a été créé en Russie. N
