L'affaire Ioukos a commencé en 2003 lorsque sur la demande du député russe Vladimir Ioudine le Parquet général a lancé une enquête afin de vérifier la légalité de la privatisation de l'entreprise Anatit. Khodorkovski, Lebedev et autres personnes impliquées dans cette affaire ont été mis en examen. Les deux premiers ont été condamnés pour évasion fiscale. Par la suite, un second procès a été intenté contre eux pour détournement de pétrole et blanchiment d'argent. Fin 2010 ils ont donc été condamnés à 14 ans de prison ferme. Saisie en appel, la Cour municipale de Moscou a réduit cette peine à 13 ans. Quant à Alexeï Pitchouguine, il a été condamné à perpétuité pour homicides et tentatives d’homicides des personnes jugées trop dangereuses pour le géant pétrolier.
Depuis quelques mois on entend de plus en plus de voix appelant à libérer les participants de l'affaire Ioukos. Mikhaïl Khodorkovski aura cependant tort à espérer une libération prochaine, est convaincu le défenseur des droits de l'homme russe, Konstantine Goussev.
Je nourris peu d'espoirs quant à sa libération. Les paroles prononcées par Medvedev signifient le plus probablement que cette décision sera bientôt annulée.
Pour Konstantine Goussev tout s'explique par le transfert des pouvoirs : dans trois mois Medvedev sera remplacé par Vladimir Poutine.
Cependant, le défenseur de Mikhaïl Khodorkovski, Iouri Schmidt, lui, est plus optimiste.
En essayant de penser en pragmatique et en m'imaginant à la place de Vladimir Poutine, ce que je vois, moi, c'est que la libération de Mikhaïl Khodorkovski ne fera aucun mal aujourd'hui. Le vote est terminé, Vladimir Poutine a fait un bon score. Mikhaïl Khodorkovski n'est plus la personne capable de consolider l'opposition. Pourquoi alors le laisser dans la prison ? Pour qu'à chaque rencontre au sommet il y ait cette question : quand allez-vous réexaminer l'affaire de Khodorkovski ? Et puis il y a un autre avantage – l'emprisonnement de l'ex-patron d'Ioukos expliquerait le ralentissement des investissements et le départ de certaines entreprises du marché russe. La libération de Khodorkovski peut changer cette situation.