Le Sud-Soudan a complètement arrêté la production de pétrole sur son territoire en raison d'un conflit avec le Soudan concernant les questions du transit de l’hydrocarbure. Le gouvernement sud-soudanais estime que la demande de Khartoum (la capitale du Soudan) de lui verser 36 dollars pour un baril de transit du pétrole sur son territoire ne répond pas aux normes internationales.
En juillet 2011, après la formation du Sud-Soudan comme Etat indépendant, le nouveau pays a obtenu à sa disposition plus de la moitié des champs pétroliers situés sur le territoire soudanais. Par la suite, le Soudan a commencé à prélever des frais de transit pour l’utilisation de son réseau de transport du pétrole. Toutes les tentatives faites par les deux pays de se mettre d’accord sur cette question litigieuse n'ont pas donné de résultats positifs.