La flotte de la mer Noire, dont la base principale est à Sébastopol, est depuis longtemps l'objet permanent de contentieux entre la Russie et l'Ukraine. Au début de la période postsoviétique, ces deux pays héritiers de l'URSS ont discuté longtemps de la répartition entre eux des navires de guerre, de la base et autres biens de la flotte. En 1997, la flotte fut partagée, mais les accords ad hoc entre la Fédération de Russie et l'Ukraine sont demeurés longtemps sans être ratifiés. Le 24 mars 2009 a marqué le dixième anniversaire de la ratification de ces accords, mais la polémique sur le destin de la flotte n'en est pas devenue moins acerbe.
La lutte pour la flotte de la mer Noire a commencé le 5 avril 1992, lorsque l'ex-président ukrainien Leonid Kravtchouk a signé le décret "Sur les mesures urgentes dans le cadre de l'édification des forces armées ukrainiennes". En application de ce décret, la flotte soviétique de la mer Noire passait sous la juridiction de Kiev et les forces navales stationnées sur le territoire ukrainien (autrement dit, pratiquement toute la flotte de la mer Noire) devaient servir de base à la création immédiate de la Marine de guerre de l'Ukraine. Kiev n'avait pas le droit de prendre cette décision.
Qui plus est, la flotte de la mer Noire faisait alors partie des Forces armées unifiées de la CEI (Communauté des Etats indépendants) et de la Marine de guerre de la CEI, placée sous le commandement de l'amiral Vladimir Tchernavine.
La réaction de Moscou ne tarda pas: le 7 avril, le président de la Fédération de Russie Boris Eltsine promulgua un décret plaçant la flotte de la mer Noire sous la juridiction de la Russie. Le Kremlin proposa de régler le litige par la voie de négociations, durant lesquelles ces deux décrets furent suspendus.
Le long marchandage diplomatique qui commença fut compliqué par la situation "locale". Kiev essaya de persuader les marins de la flotte de la mer Noire de prêter serment à l'Ukraine afin d'"ukrainiser" la flotte et de placer Moscou devant le fait accompli.
Le 28 mai 1997, les deux pays signèrent des accords intergouvernementaux définitifs sur le statut et les conditions de la présence de la Flotte russe de la mer Noire sur le territoire de l'Ukraine, sur les modalités du partage de la flotte, les paiements réciproques découlant du partage de la flotte et de la présence de la Flotte russe de la mer Noire sur le territoire ukrainien.
La flotte de la mer Noire compte actuellement une cinquantaine de navires de guerre et de vedettes, ainsi que quelques dizaines de bâtiments auxiliaires. L'aviation côtière et les effectifs de la défense côtière ont été également considérablement réduits. La flotte de la mer Noire prédominait jadis dans son bassin et concurrençait les forces alliées de l'OTAN en Méditerranée. Ses forces sont aujourd'hui inférieures à celles de la Turquie présentes en mer Noire (bien qu'elles soient supérieures à celles de tous les pays riverains de la mer Noire pris ensemble). Ses navires ne font que des apparitions épisodiques en Méditerranée. Dans le même temps, la situation aux frontières méridionales de la Russie est devenue bien plus alarmante. En 2008, la flotte de la mer Noire a dû accomplir des missions militaires au cours de la guerre des cinq jours contre la Géorgie.
Les navires attribués à l'Ukraine lors du partage de la flotte n'ont pas contribué au renforcement de la Marine ukrainienne: la plupart d'entre eux ont été retirés du service, les autres n'étant actuellement pas à même de participer à des combats.
Néanmoins, les discussions politiques au sujet de la flotte se poursuivent. Les nationalistes ukrainiens et les forces qui les ont rejoints exigent le retrait immédiat des navires russes de Sébastopol. Ils ne veulent pas entendre parler d'une prorogation du bail de location de la base russe après 2017. En Russie, les problèmes de la flotte de la mer Noire sont également exploités à des fins politiques par des personnes et des mouvements des plus divers, qui sont loin d'être tous effectivement préoccupés par la défense des frontières méridionales de la Russie.
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