Les relations diplomatiques entre l'URSS et la Malaisie ont été établies le 3 avril 1967. La Malaisie a reconnu officiellement la Fédération de Russie le 31 décembre 1991.
Le président de la Fédération de Russie, Vladimir Poutine, est allé par trois fois en Malaisie. Il s'y est rendu notamment en visite officielle les 4-5 août 2003. Le 16 octobre 2003, le chef de l'Etat russe y a participé au sommet de l'Organisation de la conférence islamique (OCI), et les 13-14 décembre 2005, au premier sommet Russie-Association des nations de l'Asie du Sud-Est (ASEAN) et au premier sommet de l'Asie de l'Est.
Les premiers ministres malaisiens sont venus en visites officielles à Moscou en 1972, en 1979, en 1987 et en 2002, ainsi qu'en visite de travail en 1999 - dans le territoire de Khabarovsk et en Bouriatie. Le président russe et le premier ministre malaisien ont eu des rencontres informelles en novembre 2000 et en octobre 2001, en marge des sommets de l'Association de coopération économique Asie-Pacifique (APEC) à Brunei et à Shanghai, ainsi qu'en juin 2003, lors du sommet du G8 à Evian.
En mai 1997, le roi de Malaisie, Tuanku Jaafar, est venu à Saint-Pétersbourg en visite non officielle. En septembre 2003, le roi Syed Sirajuddin Syed Putra Jamalullail de Malaisie a effectué, lui aussi, une visite privée à Saint-Pétersbourg.
A ce jour, la Malaisie est le principal partenaire commercial de la Russie en Asie de Sud-Est, et la Russie est, pour sa part, le principal partenaire commercial de la Malaisie dans l'espace de la Communauté des Etats indépendants (CEI). Dès 1999, une commission intergouvernementale russo-malaisienne pour la coopération commerciale, économique, scientifique et technique a été créée.
La part la plus importante dans les exportations russes revient aux engrais et produits chimiques (57%), ainsi qu'aux laminés de ferreux (17%). Dans les importations russes, ce sont l'électroménager (38%), l'huile de palme et ses dérivés (28%), ainsi que les produits de cacao (6%) et les articles de consommation courante (4%) qui prédominent. Le chiffre d'affaires du commerce entre la Russie et la Malaisie a atteint 1,1 milliard de dollars, dont les exportations russes de 570 millions de dollars et les importations de 530 millions de dollars.
Depuis ces dernières années, la Malaisie est aussi devenue le principal partenaire de la Russie dans le domaine de la coopération militaire parmi les pays du Sud-Est asiatique. Le premier contrat d'envergure dans cette sphère a été signé en 1994 et portait notamment sur la fourniture à la Malaisie d'un gros lot de chasseurs russes MiG-29. Dès 1995, une coentreprise russo-malaisienne a été créée pour entretenir et moderniser le matériel volant fourni.
En 2001, un contrat de livraison à la Malaisie de la dernière version du système de missiles antichars Metis, supérieur par bien des paramètres aux systèmes étrangers du même genre a été signé. En avril 2002, un contrat a aussi été signé sur la fourniture aux Forces Armées de Malaisie de systèmes de missiles sol-air de faible rayon d'action Igla-1. Le 19 mai 2003, un contrat pour un total de 900 millions de dollars a été paraphé qui prévoit notamment la livraison en Malaisie d'avions Su-30MKM (livraisons à partir du mois de juin 2007).
Dans le domaine de la coopération scientifique et technique, une entente a été enregistrée sur l'utilisation des capacités de télécommunications de l'organisation internationale Interspoutnik dans l'intérêt des partenaires malaisiens. Des contacts réguliers ont lieu entre des spécialistes des deux pays dans les domaines de la météorologie, de la domestication de l'Espace et de l'exploration de l'Antarctique. En septembre 2000, le premier microsatellite malaisien de recherche a été orbitalisé par un lanceur russe. En décembre 2006, le lanceur russe Proton-M a placé sur orbite l'appareil spatial de télécommunications de Malaisie MeaSat-3. A l'heure actuelle, au centre d'entraînement russe, l'astronaute malaisien Sheikh Muszaphar Shukor Al Masrie se prépare à partir à bord du vaisseau russe Soyouz TMA-11 au sein du 16e équipage pour la Station spatiale internationale (ISS), en octobre 2007.
A ce jour, quelque 2.500 jeunes Malaisiens font leurs études supérieures (de préférence médecine) en Russie où ils ont été envoyés tant par l'Etat qu'à titre privé.
Des contacts directs se maintiennent entre les agences d'information russes RIA Novosti et ITAR-TASS, d'une part, et l'agence malaisienne Bernama, de l'autre.
