On lui reproche notamment d'avoir fourni de fausses informations à la commission Mitrokhine, commission du parlement italien chargée d'enquêter en 2002-2006 sur les activités présumées des services secrets soviétiques en Italie. Cet expert aurait délibérément désinformé la commission pour se positionner comme principale source d'information.
M. Scaramella fait également l'objet de plusieurs autres enquêtes judiciaires: ainsi, le parquet de Bologne l'accuse de faux témoignages dans l'affaire sur le transport illégal d'uranium radioactif à Saint-Marin, et le parquet de Naples le poursuit pour recyclage de déchets illégal dans la province de Campanie. Mais c'est à la demande du parquet de Rome que l'ex-conseiller de la commission Mitrokhine a été interpellé le 24 décembre dernier à l'aéroport de Naples où il venait d'atterrir en provenance de Londres.
Le 1er novembre dernier, Mario Scaramella avait rencontré l'ex-officier du FSB, Alexandre Litvinenko, dans un bar à sushis de Londres. Ce même jour, selon les enquêteurs, M. Litvinenko avait reçu la dose mortelle de polonium-210, agent radioactif hautement toxique responsable de son décès le 23 novembre. L'enquête avait été confiée à la cellule antiterroriste de Scotland Yard.