Dans la nuit de jeudi à vendredi 13 mai, des hommes armés se sont emparés de la prison et de plusieurs bâtiments publics à Andijan. Plus tard, les forces armées sont entrées dans la ville et ont repris le bâtiment de l'administration locale.
Samedi, des troubles ont eu lieu dans la ville ouzbèke de Kara-Suu, à la frontière kirghize, où plusieurs bâtiments administratifs ont été incendiés. Les insurgés n'ont pas avancé de revendications politiques.
Les événements d'Andijan et de Kara-Suu ont provoqué un exode de réfugiés ouzbeks vers la Kirghizie où la Russie possède une base militaire.
La Russie possède deux bases militaires en Asie centrale. L'une se trouve en Kirghizie, installée en octobre 2003 à Kant comme élément aérien de la Force de déploiement rapide de l'Organisation du Traité de sécurité collective (l'OTSC regroupe la Russie, la Biélorussie, la Kirghizie, le Kazakhstan, le Tadjikistan et l'Arménie). D'après le ministre russe de la Défense, Serguéi Ivanov, les autorités russes envisagent un développement de ce site.
L'autre base est située au Tadjikistan. En octobre 2004, au cours de la visite du président Vladimir Poutine à Douchanbe, les deux pays ont signé un accord transformant la 201e division motorisée russe en base militaire qui comprendra un élément aérien stationné sur l'aérodrome d'Aïni, à 20 km de Douchanbe. Cette base est appelée à devenir une composante importante du système général de sécurité en Asie centrale.
A titre de remboursement de la dette tadjik, la Russie a pris possession aussi de la station de surveillance opto-électronique Okno à Nourek, situé à plus de deux mille mètres au-dessus du niveau de la mer, dans les montagnes du Pamir. Elle comprend un radar de détection et d'identification des objets spatiaux évoluant à des altitudes atteignant 40 000 km. Il n'y a que deux stations semblables dans le monde. La deuxième se trouve aux Etats-Unis
