Les tensions interethniques qui existaient depuis longtemps entre Géorgiens et Ossètes du Sud ont provoqué une explosion pendant l'hiver 1989-1990 sous l'effet de la politique nationaliste menée par les autorités de Tbilissi.
A la fin de 1989 elles ont installé des unités de leur ministère de l'Intérieur à Tskhinvali. Les Ossètes, pour leur part, ont créé leur propre structure armée : la garde nationale. Des hostilités ont été déclenchées entre les forces géorgiennes et ossètes. Des groupes armés non contrôlés sont apparus.
Sous la présidence de Zviad Gamsakhourdia (1990-1991) Tbilissi a appliqué avec de plus en plus de fermeté le principe de "la Géorgie aux Géorgiens" et multiplié ses tentatives de régler le "problème ossète" par la force, en lançant des opérations militaires sans hésiter à engager les armements lourds.
Le 9 décembre 1990, le Soviet Suprême de la Géorgie a dissous la Région autonome d'Ossétie du Sud et décrété l'état d'urgence. L'agression armée lancée le 6 janvier 1991 par les zviadistes qui ont envoyé à Tskhinvali des unités de l'Intérieur et des "volontaires" dans le cadre d'une opération de répression a provoqué une escalade du conflit, tuant ou blessant des milliers d'Ossètes et de Géorgiens, des civils dans leur majorité. Plusieurs dizaines de milliers de personnes, principalement des Ossètes, se sont réfugiées en Ossétie du Nord, ce qui a posé des problèmes socio-économiques sérieux à Vladikavkaz. Le 20 janvier 1991, s'étant heurtées à une résistance acharnée, les forces géorgiennes ont évacué la ville.
Le 19 janvier 1992, un référendum a été organisé en Ossétie du Sud dont le Conseil supérieur, se conformant aux résultats de la consultation populaire, a adopté le 22 mai 1992 l'Acte d'indépendance nationale.
Le conflit a été gelé après la signature le 14 juin 1992, par la nouvelle direction géorgienne, des accords de Dagomys. Le déploiement d'une force de paix russo-osséto-géorgienne dans la zone du conflit en juillet 1992 a fait revenir le calme et a contribué à empêcher la reprise des hostilités. Un rôle important échoit également à la Commission mixte pour le règlement du conflit qui a été créée conformément aux accords de Dagomys.
