Dans les années 1996-2000, les dirigeants de ces Etats, moins l'Oubékistan (à l'époque on parlait des "Cinq de Shanghai", l'OCS ayant été créée en juin 2001), se rencontraient à tour de rôle à Shanghai, Moscou, Almaty, Bichkek et Douchanbé.
La session de Douchanbé de 2000 fut la dernière du cycle de rencontres entre chefs d'Etat dans le format des "Cinq de Shanghai".
C'est sur la base des accords portant sur le renforcement de la confiance dans le domaine militaire et sur la diminution réciproque des forces armées dans les régions frontalières, conclus entre le Kazakhstan, la Kirghizie, la Chine, la Russie et le Tadjikistan, respectivement en 1996 et en 1997, que fut créée l'Organisation de coopération de Shanghai. A la rencontre des chefs des cinq Etats du 15 juin 2001 à Shanghai, les leaders des "Cinq de Shanghai" ont accueilli en leur sein l'Ouzbékistan. Le même jour était signée la déclaration de création de l'OCS.
D'après la déclaration, l'objectif de l'OCS est de renforcer la confiance mutuelle et les relations de bon voisinage entre les pays membres, d'encourager ces derniers à coopérer efficacement dans les domaines politique, économique, commercial, scientifique, technique, éducatif, culturel et autres, de participer aux efforts communs visant la sauvegarde de la paix, de la sécurité et de la stabilité dans la région.
Les principes de la future organisation dans le domaine de la sécurité sont stipulés dans la "Convention de Shanghai sur la lutte contre le terrorisme, le séparatisme et l'extrémisme".
Sur la base de cette convention a été créée la Structure antiterroriste régionale (SAR) - organe permanent chargé de coordonner et de renforcer la coopération entre les services de renseignements des pays membres de l'OCS en matière de lutte contre leterrorisme, le séparatisme et l'extrémisme.
La Charte et l'Accord sur la Structure antiterroriste régionale de l'OCS ont été signés au sommet de Saint-Pétersbourg le 7 juin 2002.
Au sommet suivant qui s'est déroulé du 28 au 29 mai 2003 à Moscou, les textes et les procès-verbaux concernant la formation de l'OCS ont été signés: la Déclaration des chefs des Etats membre de l'OCS sanctionnant les documents définissant les modalités de travail des organes statutaires de l'OCS et de son mécanisme financier. Ont été notamment signés les documents relatifs au fonctionnement des organes permanents de l'OCS - le secrétariat et le comité exécutif de la Structure antiterroriste régionale. Il a été décidé d'installer le secrétariat à Pékin, et le siège à Tachkent.
Les chefs d'Etat ont désigné le secrétaire exécutif de l'OCS - l'ambassadeur de Chine à Moscou Zhang Deguang.
Fonctionne également le "Groupe de Bichkek" qui rassemble les responsables des organes de maintien de l'ordre et des services secrets des pays de l'OCS.
Les contacts réguliers se poursuivent entre les ministères de la défense des six pays. Parallèlement au sommet de Moscou (28-29 mai 2003), a eu lieu une rencontre des ministres de la Défense lors de laquelle ont été examinées les questions du perfectionnement de la coopération dans le domaine de la sécurité et de la stabilité régionales, dans la lutte contre le terrorisme, contre le trafic de stupéfiants, contre la criminalité organisée et la prolifération des armes de destruction massive et leurs vecteurs.
En août 2003 au Kazakhstan, puis sur le territoire de la Chine, se sont déroulés les exercices antiterroristes conjoints baptisés "Interaction-2003", organisés par les ministères de la Défense des pays membres de l'OCS et auxquels participaient pour la première fois les six pays de l'Organisation.
Les parquets généraux et les services des frontières des pays de l'OCI coopèrent également. Le 5 septembre 2003 a été signé leprotocole d'aide juridique mutuelle entre les parquets des Etats membres de l'OCS. Les parties se sont engagées à s'accorder une aide juridique mutuelle en matière de dépistage et de collectes de preuves relatives aux crimes et délits liés au terrorisme et au séparatisme, ainsi qu'à la criminalité organisée, au trafic des stupéfiants et des substances psychotropes, à la traite des êtres humains, et autres formes dangereuses de crimes et délits. Le règlement des sessions des parquets généraux des pays membres de l'OCI a également été signé.
La coopération économique offre de belles perspectives. En mai 2002 a eu lieu à Shanghai la neuvième rencontre des ministres en charge des échanges commerciaux, et en octobre 2002 Pékin a accueilli le premier forum de l'OCS d'investissements et de développement dans le domaine énergétique. Le 23 septembre 2003, le Conseil des chefs de gouvernement de l'OCS a adopté le programme économique à long terme de l'Organisation, qui définit les axes du partenariat jusqu'à 2020. Le programme prévoit de déboucher sur des formes contemporaines de coopération économique et commerciale, incluant la création de conditions propices à la libre circulation des marchandises, des capitaux, des services et des technologies. Le Conseil a entériné le premier budget de l'OCS pour 2004, qui s'élève à 3,8 millions de dollars.
L'activité de l'Organisation de coopération de Shanghai est l'objet d'un intérêt accru de la part de la communauté mondiale. Le Schéma provisoire de coopération entre l'OCS et les autres organisations internationales et les différents pays, signé en novembre 2002, a permis d'établir des contacts avec l'ONU et l'ASEAN. A l'issue de la rencontre de Moscou de mai 2003, une déclaration de politique extérieure a été adoptée, validant les ententes concrètes en matière de développement de la coopération dans le cadre de l'Organisation, ainsi que les approches globales des problèmes internationaux d'actualité. Le document entérine la "nécessité de respecter et d'exécuter les objectifs fondamentaux et les principes de la Charte de l'ONU et les normes universellement reconnues du droit international".
L'Inde, l'Iran, la Mongolie et le Pakistan ont manifesté leur désir d'adhérer à l'OCS. Et bien que la Charte de l'OCS stipule la possibilité de l'élargissement à d'autres pays, l'Organisation n'envisage pas pour le moment d'admettre de nouveaux membres en son sein. Il est prévu de mettre en place un mécanisme d'admission d'observateurs et de membres associés.
