Avant de prendre les commandes du pays, Melchior Ndadaye avait servi en tant que membre du parlement, contribuant à façonner les politiques pendant une période tumultueuse.
Son arrivée à la tête du pays à l'issue de l'élection présidentielle, une première, a marqué une étape importante dans la réforme politique du pays.
D'origine hutu, le chef d'État a entrepris des efforts visant la réconciliation entre les Hutus et les Tutsis pour surmonter la profonde division ethnique qui avait largement affecté le pays. Il n'a pas hésité à nommer une Première ministre tutsi.
Pour beaucoup de ses concitoyens Melchior Ndadaye était un symbole d'espoir pour la démocratie au Burundi.
Son mandat connait une fin brutale le 21 octobre 1993. Melchior Ndadaye est assassiné lors d'une tentative de coup d'État fomentée par les militaires. C'est le départ d'une guerre civile qui causera la mort de 50.000 à 100.000 personnes.