Le tremblement de terre de magnitude 7,5 a touché lundi la péninsule de Noto dans le département d'Ishikawa vers 07H10 GMT.
Les autorités ont ordonné à la population de la zone concernée de se réfugier sur les hauteurs.
"De dangereuses vagues de tsunami dues à ce tremblement de terre sont possibles dans un rayon de 300 km autour de l'épicentre le long des côtes du Japon", a indiqué le Centre d'alerte aux tsunamis du Pacifique (PTWC) établi à Hawaï (États-Unis).
L'Agence météorologique japonaise a averti que les vagues de tsunami pourraient mesurer jusqu'à cinq mètres de haut.