Le nouveau président de la Ceni, composée de sept personnes, sera l'actuel porte-parole du gouvernement, Prosper Ntahorwamiye.
La Commission électorale a également été validée mercredi par le Sénat, à une très large majorité.
Une partie des députés du principal parti d'opposition au Burundi, le Conseil national pour la liberté (CNL), ont boycotté le vote, dénonçant "une violation de la procédure".
Les prochaines élections législatives au Burundi sont prévues en 2025.