Le bateau, qui assure une importante liaison régulière entre les grandes villes sur le fleuve, dont Tombouctou et Gao, a été visé par "au moins trois roquettes tirées contre le moteur", a dit à l'AFP l'opérateur, la Compagnie malienne de navigation (Comanav).
Aucune information n'a été communiquée dans un premier temps sur d'éventuelles victimes.
"Aux environs de 11H00 (heure locale et GMT), les groupes armés terroristes, dans leur dessein funeste, ont attaqué un bateau de la Comanav" dans le secteur de Gourma-Rharous, a dit l'armée malienne sur les réseaux sociaux.
Cette attaque est intervenue quelques semaines après que le Groupe de soutien à l'islam et aux musulmans (GSIM), une alliance jihadiste affiliée à Al-Qaïda*, a annoncé, début août, imposer un blocus à Tombouctou.
*Organisation terroriste interdite en Russie