Amnesty s'appuie sur un rapport de 211 pages qui détaille les mesures de "ségrégation territoriale et restrictions de mouvement, saisies massives de biens fonciers et immobiliers, expulsions forcées, détentions arbitraires, tortures, homicides illégaux".
"Après un long travail de recherche, notre nouveau rapport démontre que les lois, politiques et pratiques mises en place par les autorités israéliennes ont progressivement créé un système d'apartheid à l'encontre du peuple palestinien dans son ensemble", écrit l'ONG basée à Londres.
Amnesty est la deuxième grande organisation de défense des droits humains à accuser Israël d'apartheid et de crime contre l'humanité en moins d'un an, après Human Rights Watch en avril dernier.
Le gouvernement israélien a vivement réagi à cette nouvelle mise en cause, accusant Amnesty de "conforter et recycler des mensonges" propagés par des groupes qui cherchent à "jeter de l'huile sur le feu de l'antisémitisme", et de chercher ainsi à "délégitimer Israël".
Les mouvements palestiniens ont à l'inverse applaudi la publication du rapport.
Exemples à l'appui, Amnesty accuse Israël d'avoir mis en place "à travers des lois et des politiques discriminatoires", "un système d'oppression et de domination institutionnalisé à l'encontre du peuple palestinien".
"Si ces violations sont plus fréquentes et plus graves dans les territoires palestiniens occupés, elles sont également commises en Israël et à l'encontre des réfugiés palestiniens, présents dans des pays tiers", relève le rapport.