Les Tchèques ont ouvert le score par l'intermédiaire de Tomas Holes sur corner (68e), après que leurs adversaires ont été réduits à dix avec l'expulsion de Matthijs de Ligt (55e) pour une main.
Patrik Schick, auteur de son quatrième but du tournoi, a doublé la mise à la 81è minute pour les hommes de Jaroslav Silhavy.
Les finalistes en 1996 retrouveront samedi prochain en quarts de finale à Bakou les Danois, tombeurs samedi des Gallois (4-0).