Ces femmes avaient répondu à un appel au secours lancé mercredi par cet abri inondé, dans la ville de Revuca, victime de fortes averses, rapporte l'AFP.
Les trois femmes travaillaient dans un autre refuge pour animaux, situé dans la ville voisine de Roznava, à environ 300 km à l'est de Bratislava.
Arrivées sur place, elles ont réussi à charger plusieurs chiens dans leur véhicule, mais elles ont été emportées par les eaux, lors de leur trajet de retour.
«L'information est confirmée, les trois femmes sont mortes», a regretté jeudi le Premier ministre Peter Pellegrini aux journalistes.
Le porte-parole des services d'urgence, Erik Piater, a déclaré à l'agence de presse slovaque TASR que des secouristes avaient retrouvé le corps d'une des femmes mais étaient toujours à la recherche des deux autres.