Dans son communiqué, le Djihad islamique annonce être en «alerte maximale» et précise que l'épouse du commandant Baha Abou Al-Ata, 42 ans, a été également tuée dans cette frappe.
L'armée avait précisé que l'opération avait été menée conjointement avec le service de sécurité intérieure Shin Bet.
Des résidents ont rapporté, cités par l'AFP, qu'une explosion avait frappé le domicile d'Ata dans le district de Shejayia à l'est de la ville de Gaza.
Israël accuse Ata d'avoir été derrière un récent tir de roquette depuis la bande de Gaza en direction du territoire israélien, l'armée israélienne le décrivant comme une «bombe à retardement» dans le communiqué annonçant la frappe.
Il est également accusé d'avoir organisé des tirs de snipers et des lancements de drones.